판례: 조심 2014서1330
1. 사실관계 정리
대학병원을 운영하는 A법인은 2005년 경 장례식장, 임대매장, 의료원 행정실, 대학원 등의 운영을 위해 병원 부지 내에 종합관 건물을 신축하였고, 2008년 5월경 이 종합관 건물 내 임시사용승인을 받아 이 사건 주차장(주차면수 196면, 종합관 건물 중 지하 3~5층)을 신축하였음. A법인은 기존에 사용하던 주차장과 신축 주차장을 전부 외부 업체에 임대해 위탁 운영을 하였음.
A법인은 2008년 제1기 부가가치세 신고 시 종합관 신축과 관련한 매입세액에 대하여 예정사용면적으로 매입세액을 계산하는 과정에서 이 사건 주차장 면적 전부를 위탁업체에 임대(과세사업)한다는 이유로 이를 과세사업에 사용하는 면적에 포함시키고 안분계산하여 주차장 신축관련 매입세액 전액을 공제하였음.
관할 지방국세청장은 A법인에 대한 세무조사를 실시하여 주차장이 포함된 종합관 신축과 관련한 공통매입세액 안분계산 시「부가가치세법 시행령」제61조 제4항의 규정에 따라 신축건물의 예정사용면적을 과세면적(부동산임대 등), 면세면적(의료원 행정실, 대학원 등), 공통면적(장례식장 등 과・면세 겸업면적) 및 공용면적(이 사건 주차장, 기계실 등)으로 구분하여 예정사용면적기준으로 안분계산 후 이 사건 주차장 등 공통사용면적에 해당하는 매입세액은 같은 법 시행령 제61조 제1항에 따라 수입금액을 기준으로 안분계산하고, 완공 후 주차장 운영과 관련된 매입세액의 경우도 공통매입세액으로 보아 수입금액기준으로 안분계산 하여 2013. 7. 8. A법인에게 2008년 제1기 부가가치세를 경정・고지하였음.
A법인은 이에 불복하여 2013. 10. 7. 이의신청을 거쳐 2014. 2. 19. 조세심판청구를 제기하였음.
2. 결론
조세심판원은 이 사건에 대해 A법인 내 다른 주차장뿐만 아니라 이 사건 주차장 모두가 외부 업체에 부가가치세가 과세되는 수익사업용으로 최초 신축 시부터 현재까지 임대되고 있으므로 과・면세 사업에 공통으로 사용되는 면적으로 보기 어렵다고 하면서, A법인의 종합관 신축과 관련된 매입세액 중 쟁점주차장 면적에 해당되는 매입세액은 공제되는 매입세액으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 것이라고 판단하였음.
